人体的肠道内寄生着10万亿个细菌，各种菌群相互制约和依存，构成了肠道菌群的平衡。
肠道菌群可以分为三类：
有益菌
主要是各种双歧杆菌、乳酸杆菌等，是人体健康不可缺少的要素，可以合成各种维生素，参与食物的消化，促进肠道蠕动，抑制致病菌群的生长，分解有害、有*物质等。对于恢复肠道菌群平衡有着很好的促进作用，因此，肠胃轻度不适时，来一杯酸奶还是有实际功效的。
中性菌
即具有双重作用的细菌，如大肠杆菌、肠球菌等，一般情况下它们对健康有积极作用，一旦失控，会引起肠道感染。轻者恶心，呕吐，腹泻，重者脱水引起电解质紊乱，甚至休克，或从肠道转移到身体其他部位，就可能引发许多问题。
有害菌
常见的是沙门氏菌，副溶血性弧菌，金*色葡萄球菌，产气荚膜梭状孢芽杆菌。数量一旦失控大量生长，就会引发多种疾病，产生致癌物等有害物质，或者影响免疫系统的功能。
沙门氏菌是寄居在人类动物肠道内生化反应和抗原构造相似的革兰阴性杆菌。它是一种肠道致病菌，常常因为误食不洁食物引起，感染者出现严重腹泻。是人类食物中*的主要病原之一。常常存在于肉、蛋、家禽等动物性食物，生熟交叉引起中*，会导致头痛、恶心和腹痛，接着出现消化道症状，常常伴有发热现象，一日之内多次腹泻，两三天才能停止。所以，在日常饮食中，应使用新鲜禽畜肉，注意低温储藏，防止交叉污染。
副溶血性弧菌(Fujinoetal.)Sakazakietal.是革兰氏阴性的菌棒状、弧状、卵圆状无芽孢菌，属于弧菌属，是一种常见的病原菌。是一种嗜盐性的革兰氏阴性菌，可以发酵葡萄糖，不产气，不能利用蔗糖和乳糖，不产生硫化氢，氧化酶试验呈现阳性，赖氨酸脱缩酶和鸟氨酸脱缩酶试验呈现阳性，二精氨酸脱缩酶试验呈现阴性。常常在海产品里，蛤蜊、蛏子、三文鱼、海带等等。副溶引起的腹泻起病急，上腹部绞痛，多为水样便，有时脓血便。重者血压下降，意识模糊，需要抗菌治疗。因此，食用海鲜应煮熟煮透，充分烹饪，或者用醋、酒、芥末等杀菌，普通食醋中5分钟即可杀死。
金*色葡萄球菌金*色葡萄球菌(Staphylococcusaureus，S.aureus)也称“金葡菌”，隶属于葡萄球菌属，是革兰氏阳性菌代表，为一种常见的食源性致病微生物。该菌最适宜生长温度为37℃，pH为7.4，耐高盐，可在盐浓度接近10%的环境中生长。常见于剩饭、米、面以及乳制品。由金葡导致的食物中*一般起病急，中上腹部痉挛性疼痛，伴有剧烈呕吐，轻者自愈，重者脱水至虚脱，需用高锰酸钾稀释液洗胃。其中所含的肠*素耐热耐酸，能抵抗酶的消化。平时应食用新鲜米饭及乳制品，隔离皮肤化脓者。
蜡样芽孢杆菌（学名：Bacilluscereus），又称仙人掌杆菌，是一种革兰氏阳性菌，β溶血性的杆状细菌。经常在土壤和食物中被发现，有些菌株会引起食物中*，例如"炒饭综合症"（FriedRiceSyndrome）；另外一些菌株则对其他动物有益。蜡样芽孢杆菌是兼性厌氧性。与其他芽孢杆菌相同，它会产生防御性的内芽孢。它的致病因子包括施普善（cereolysin）和磷脂酶C（PhospholipaseC）常常存在于肉类、奶类及剩饭等熟食品，呕吐和腹泻为主要临床特征，少发热，多为自限性，24小时之内能恢复，重者需用抗生素治疗。
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